Zpracování dat z mikroerejí ve statistickém jazyce R

Naše analytické schopnosti vychází z mnohaleté praxe našich pracovníků v produkci a zpracování dat z mikroerejí a jsou doplněné nástroji, které poskytuje statistický jazyk R a další nástroje, které jsme si osvojili v renomovaných praktických kurzech zpracování dat a dále jsou doplněné kvalitním výpočetním vybavením, které umožňuje zpracovávat i rozsáhlejší data z dlouhodobých klinických studií.

Nabízíme k prodeji mikroereje a jako službu také zpracování dodaných vzorků na mikroerejích následujících firem: Agilent, Nimblegen, Phalanx, Microarray Inc., Exiqon a OGT. Portfolio těchto firem obsahuje všechny běžné typy – expresní profilování, aCGH, SNP, ChIP-chip, CNV –  mikroerejí pro výzkumné i klinicko-diagnostické účely analýzy na širokém počtu organizmů – člověk, běžné modelové organizmy, plus hospodářsky významná zvířata a plodiny.

Cena zpracování jednoho (párového) biologického vzorku se pohybuje v rozmezí 4 000 - 10 000 CZK, výsledkem je extrahovaný signál v tabulkové formě, případně doplněný základní statistickou analýzou softwarem, který nám dodal k mikroerejím výrobce.

U levnějších mikroerejí si zákazníci díky jednoduššímu designu mikroerejí provádí hlubší bioinformatickou analýzu obvykle sami, protože není časově náročná a lze ji provést s pomocí DEMO verzí komerčních softwarů.

U dražších mikroerejí a rozsáhlejších datových souborů vyžadují sofistikovanou analýzu programováním ve statistickém jazyce R, kterou si nechávají provést přímo u nás a cena se pohybuje mezi 5000 až 40 000 CZK za zpracování celého datového souboru. Cena závisí především na počtu jednotlivých typů požadovaných bioinformatických výstupů (například vyřešení problému korekce na mnohonásobné opakování u složitějších experimentálních designů, pokročilé grafické výstupy, odvozené funkčně-genomické analýzy s použitím softwaru Metacore), velikost datového souboru má díky disponibilní výpočetní síle menší vliv. Ve spolupráci s předními akademickými pracovišti v ČR i zahraničí máme zkušenosti s procesováním desítek až stovek vzorků v rámci jednoho projektu (například z rozsáhlých, dlouhodobých, klinických studií) a následnou analýzou výsledků.

Software Metacore umožňuje zasadit výsledky expresní analýzy do kontextu fungování buňky i specifických buněčných typů. Pomocí Metacore je možno zjistit, jaké signalizační dráhy jsou signifikantně nabohacené v souboru genů, ve kterých dochází k významným změnám. Dále je možno promítnout změřené hodnoty exprese na nitrobuněčnou signalizační síť, a zobrazit například její nejvíce aktivní části, nebo části, které se nejsilněji mění při porovnání dvou experimentálních skupin. Bohatá anotace všech prvků této sítě, ať už jsou to transkripční faktory, miRNA molekuly či proteiny signálních kaskád je samozřejmým výstupem. Detailní informace o všech možnostech programu Metacore naleznete na tomto odkazu: Metacore.

V případě zájmu o další informace nás prosím kontaktujte na telefonu 603 164 254 nebo emailu lab@krd.cz.

Technická poznámka # 2/2012: Obecný popis analýzy dat z aCGH experimentů na platformě Nimblegen a Agilent